O CJSJ destina-se a acolher Crianças e Jovens, ao abrigo da medida de acolhimento institucional, com idades compreendidas entre os 6 e os 18 anos de idade, ou excecionalmente:
- Até aos 21 anos, nos termos dos artigos n.º 5 e 63 da LPCJP;
- Com autorização expressa da Direção do Centro Juvenil de São José, no âmbito de Processos Tutelares Cíveis.
O LIJ do Centro Juvenil de São José tem capacidade para acolher e ter à sua responsabilidade cerca de 40 Crianças e Jovens.