O Centro Juvenil de S. José tem por missão Intervir para Reintegrar, centrando-se nas necessidades da Criança/Jovem, principal razão de existência desta Instituição. A socialização, realização e afirmação pessoal de cada Criança e Jovem são prioridades que visam a sua reintegração social, objetivo último da intervenção, num esforço colaborativo e transdisciplinar.